分子模拟

详细说明

项目简介

适合的研究方向包括但不限于：生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境；

可以计算的体系包括但不限于：生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子；

常用软件：gromacs，lammps，amber。

可以计算的内容包括但不限于：

1、蛋白三维模型搭建，如同源建模、从头建模；

2、分子对接，如蛋白质-小分子，核酸-小分子，小分子-小分子，蛋白-蛋白，蛋白-多肽，蛋白-核酸；

3、生物三维结构分析，如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化；

4、动力学研究，如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析，材料体系的高分子5、构象预测、材料与溶液界面性质，粗粒化模拟；

6、动力学后数据分析，如回旋半径（RMSF）、径向分布函数（RDF）、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢 键数量分析、亲疏水性分析；

7、药物相关内容，如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建；