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分子模拟

    详细说明

    项目简介

    适合的研究方向包括但不限于:生物、生化、医药、医学、药物、高分子、食品、材料、环境;

     

    可以计算的体系包括但不限于:生物体系、蛋白质、核酸、多肽、药物分子、聚合物、小分子;

     

    常用软件gromacslammps,amber。

     

    可以计算的内容包括但不限于:

    1、蛋白三维模型搭建,如同源建模、从头建模;

    2、分子对接,如蛋白质-小分子,核酸-小分子,小分子-小分子,蛋白-蛋白,蛋白-多肽,蛋白-核酸;

    3、生物三维结构分析,如蛋白在不同pH、温度、电场下的三维结构变化;

    4、动力学研究,如生物体系的弱相互作用分析、受体-配体组装过程、结合自由能分析,材料体系的高分子5、构象预测、材料与溶液界面性质,粗粒化模拟;

    6、动力学后数据分析,如回旋半径(RMSF)、径向分布函数(RDF)、扩散系数、RMSD、各种能量分析、氢 键数量分析、亲疏水性分析;

    7、药物相关内容,如药物衍生物库设计、虚拟筛选、成药性预测、毒性分析、QSAR预测模型构建;

     

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